Datenanalyse

Wenn du keine Zeit hast, deine gene­ti­schen Daten zu analy­sie­ren, weil du schon in zu vielen ande­ren Projekten steckst oder dir die erfor­der­li­chen Bioinformatik-​Kenntnisse fehlen, kann ich dir weiterhelfen!

Ich über­nehme für dich die Analyse von Rohdaten, die manu­elle Kontrolle von z. B. Taxalisten, die Erstellung von Abbildungen und das Schreiben oder Überarbeiten des Manuskriptentwurfs – je nach­dem, bei welchen Schritten du Unterstützung brauchst.

Besonders gut kann ich dich in einem meiner Fachgebiete unter­stüt­zen. Ich lerne aber auch immer gerne neue Methoden und Programme kennen. Meine Lernzeit stelle ich dir dabei natür­lich nicht in Rechnung.

Hast du Interesse? Dann melde dich unver­bind­lich bei mir und wir bespre­chen, wie ich dir helfen kann, deine wert­vol­len Daten doch noch zu veröf­fent­li­chen. Preisinformationen findest du hier.

>> Schreibe mir <<
Dr. Martina Weiss beim Erstellen eines Snakemake-Workflows zur Analyse von ddRAD-Daten.

Meine Fachgebiete

Als wissenschaft­liche Mitarbeiterin und als frei­be­ruf­li­che Biologin habe ich haupt­säch­lich Forschung zu den unten beschrie­be­nen Themen gelei­tet und unter­stützt. Dies sind auch die Forschungsbereiche, in denen ich dich am besten unter­stüt­zen kann. Alle meine Publikationen findest du unter meinem Google-​Scholar-Profil.

Screenshots verschieden populationsgenetischer Paper von Martina Weiss et al.

Populationsgenetik

Ein Fokus meiner Arbeit war die Analyse der Populationsstruktur verschie­de­ner wirbel­lo­ser Tiere in Fließgewässern.

Ich habe unter­sucht, welchen Einfluss Barrieren wie Wehre, Tunnel oder Gewässerverschmutzung auf die Ausbreitung von verschie­de­nen Arten in Gewässern haben.

Hast du Schwierigkeiten mit der Analyse oder Interpretation deiner popu­la­ti­ons­ge­ne­ti­schen Daten?

>> Schreibe mir <<
Screenshots wissenschaftlicher Paper zum Thema kryptische Arten, an denen Martina Weiss beteiligt war.

Kryptische Arten

In mehre­ren Projekten habe ich poten­zi­elle kryp­ti­sche Arten in verschie­de­nen Artkomplexen iden­ti­fi­ziert (COI-​Analysen) und mit hoch­auf­lö­sen­den gene­ti­schen Markern validiert.

Außerdem ging es in den Projekten darum, Artbildungsprozesse und Koexistenz-​Mechanismen zu verstehen.

Brauchst du Unterstützung bei der Analyse deiner gene­ti­schen Daten im Themenbereich kryp­ti­sche Arten?

>> Schreibe mir <<
Screenshots von wissenschaftlichen Veröffentlichungen zum Thema Biomonitoring und Biodiversitätsforschung an denen Martina Weiss beteiligt war.

Biomonitoring & Biodiversitätsforschung

Außerdem war ich an mehre­ren Projekten betei­ligt, in denen DNA-​Metabarcoding genutzt wurde, um die Artenzusammensetzung in Sammel- oder eDNA-​Proben zu bestimmen.

Momentan werte ich Metabarcoding-​Daten von 4 gene­ti­schen Markern aus, um das Nahrungsspektrum von 5 Invertebratenarten zu charakterisieren.

Brauchst du Unterstützung bei der Analyse oder Interpretation deiner Metabarcoding-​Daten?

>> Schreibe mir <<

Genetische Marker & Bioinformatik

In meinen Projekten habe ich mit unter­schied­li­chen gene­ti­schen Markern und Methoden gearbeitet:

  • Barcoding-​Daten (COI-​Sequenzen)
  • Metabarcoding-​Daten mehre­rer gene­tischer Marker (COI, rbcL, 18S, 16S, ITS2)
  • Mikrosatelliten (STRs)
  • SNPs aus ddRAD-Sequenzierungen
  • simu­lierte Sequenzdaten.

Für die Analyse habe ich sowohl bestehende Programme genutzt (z. B. Geneious, Arlequin, Stacks, apscale, BOLDigger) als auch R- und Python-​Skripte selbst geschrie­ben, die ich mit Hilfe von Snakemake zu Workflows verbun­den habe.